Deadshot und Harley Quinn treffen schon sehr früh aufeinander, als Deadshot damit beauftragt wurde einen abtransportierten Arkham-Insassen zu ermorden. Quinn stört seinen Anschlag, in dem sie versucht den Joker zu befreien, beide dabei gefasst werden und anschließend in Amanda Wallers Gefängnis gebracht werden.

Waller hat den Joker separat weggesperrt um Quinn in Schacht zu halten. Die meiste Zeit des Films sitzt er wie Hannibal Lector in einer Zelle, bis er schließlich am Ende des Films entkommt.

Boomerang ist bereits Teil der Squad und es herrscht eine Anspannung zwischen ihm und Deadshot, da dieser seinerzeit seinen Vater ermordete.

Das Team wird auf eine Mission geschickt um Lex Luthor an dem Kauf von geschmuggelten „Bio-Waffen“ zu hindern. Die Gang gelangt über Luthor an Enchantress, welcher ihre magischen Fähigkeiten benötigt. Sie kidnappen sie und bringen sie zurück zum Gefängnis, wo sie unterirdisch festgehalten wird. Dort sind alle möglichen genetisch modifizierten Freaks zu finden, inklusive King Shark.

Rick Flag ist ebenfalls dort und fungiert als Wachhund über Waller. Als Twist soll sich später herausstellen, das er mit dem Schurken Rick Flag Senior unter einer Decke steckt. Sie wollen an die Waffen herankommen, die Waller hortet.

Das Drehbuch ist recht reich an Action, aber hauptsächlich dreht es sich um Deadshot, Harley Quinn und den Joker. Flag wird zuerst als eine Art Beauftragter der Regierung dargestellt, bevor er sich als Schurke herausstellt.

Ein Entwurf des Drehbuchs wurde abgeschlossen und wandert derzeit zwischen verschiedenen Verantwortlichen hin und her, was wohl zu Überarbeitungen führen wird. Der erste Teil des Films dreht sich um die Gefangennahme von Lawton und Harley Quinn, welche zu einem Hochsicherheitsgefängnis verfrachtet werden, welches von einer Wärterin namens Waller geleitet wird. Ihnen werden explosive Implantate eingepflanzt um sie zu einer Mission zu zwingen, einen Waffendealer-Konvoi hochzunehmen. Dabei sollen sie die Waffen stehlen, aber fangen dabei eine Frau namens June ein. Diese leidet an einer gespaltenen Persönlichkeit, wobei ihre dunkle Seite eine Zauberin ist.

Waller verfolgt und fängt jeden Superhelden und Schurken. Es wird auch angedeutet, sie sei hinter Batman her, welcher aber nicht direkt im Film vorkommt, sondern auf Überwachungsvideomaterial zu sehen ist. Der Film soll die Schurken etablieren und Franchise-Fähig machen. Bei den Schurken bleibt es nicht nur bei der Suicide Squad. In Belle Reve (das Gefängnis) sind einige Schurken mehr untergebracht.

Das Drehbuch endet mit einem Aufstand der Insassen, bei dem den meisten die Flucht gelingt – inklusive dem Joker. Der Joker spielt eine große Rolle, auch wenn in keiner der Action-Szenen involviert ist, bis auf das Ende, in dem er während dem Aufstand mehrere Menschen ermordet.

Das Drehbuch wird vom Studio hoch geschätzt. Ein Gerücht besagt, Tom Hardy wäre ausgestiegen, da seine Figur zu sehr abgeändert wurde, auch wenn er in zwei Action-Szenen vorkommt.